马克思主义学院于2011年5月独立建制，原名思想政治理论教学部。2014年3月，更名为马克思主义学院。学院2018年、2020年入选江苏省示范马克思主义学院培育点，2022年入选江苏省高校思政课教育教学改革创新示范点，是中国历史唯物主义学会副理事长单位。马克思主义理论是省“十三五”重点建设学科、省“十四五”重点学科。

学院教学科研机构完备。建有教学委员会、学术委员会、教授委员会、财务工作委员会等议事决策机构。设有马克思主义基本原理、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、习近平新时代中国特色社会主义思想概论、中国近现代史纲要、思想道德与法治5个教研室，以及形势与政策、政治经济学2个课程组。

建有省级平台“江苏省习近平新时代中国特色社会主义思想南京审计大学基地”，校级平台“马克思主义与当代学术发展研究中心”，以及院级平台“审计哲学研究所”“中国近现代思想与党史研究中心”“新时代生态文明理论与实践研究中心”“思政课程与课程思政协同创新中心”。

学院现有专任教师64人，其中正高级14人，副高级21人，博士学位46人。建成江苏省高校“青蓝工程”科技创新团队1个，入选江苏省“333高层次人才工程”第二、三层次培养对象、江苏省高校“青蓝工程”中青年学术带头人、优秀青年骨干教师、江苏省“双创人才”、“江苏紫金文化优青”6人。

学院建设马克思主义理论和中共党史党建学2个一级学科。马克思主义理论下设马克思主义基本原理、马克思主义中国化、思想政治教育和中国近现代史基本问题研究4个学科方向，在马克思主义审计理论、意识形态安全、生态文明理论与实践、中国近现代史中审计监督、心理健康教育方面研究崭露头角。中共党史党建学下设马克思主义政党理论、中国共产党历史、中国共产党党务管理工作与基层组织建设3个学科方向，在近现代的红色审计史问题方面研究特色鲜明。

学院教师“十三五”以来主持国家社科基金重大、重点等国家级项目11项，省部级社科基金项目17项。在《马克思主义研究》等权威期刊发表高水平论文33篇。获省部级哲学社科奖二等奖、三等奖5项。

学院积极开展对外学术交流和社会服务，创办全国性学术论坛“马克思主义监督思想与国家治理”，定期举办“马克思主义青年说”学术沙龙。建有培训中心，为国家机关、企事业单位开展政治理论、心理健康教育等各类人才培养与培训。

学院正持续提升思政课教育教学水平，大力开展理论研究与学科建设，广泛开展社会服务，努力建设一个“各美其美、美人之美、美美与共”的“大美”学院。